In Deutschland wird Biodiesel aus vor allem aus Raps gewonnen. Als Ausgangsbasis sind aber auch andere Pflanzenöle (Palm- und Sojaöl) sowie Altspeise- und Tierfette möglich.

Für den Chemiker handelt es sich bei Biodiesel um Pflanzenölmethylester bzw. Fettsäuremethylester, auch als Fatty Acid Methylester (FAME) bezeichnet. Außerdem ist die Abkürzung RME für Rapsölmethylester gebräuchlich. Biodiesel ist also nicht mit Pflanzenöl zu verwechseln, sondern wird daraus hergestellt.